Наруто получает задание от Конохамару найти красный-четырёхлистный клевер, который растёт только в Акагахаре, месте где проходит экзамен чунинов. О опасностях этого места наруто узнаёт лиш только после того, какогда попадает в одну из ловушек на этой територии...

События происходят после 196 епидзода в сериале, перед самым началом филеров. Наруто, Какаши, Сакура и Рок Ли получают миссию охранять принца из Земель Луны. Земля Луны отличается своим богатством, так что принц намеривается купить всё, что он встречает попути. И когда по дороге они встречают цирк он покупает там редкого питомца, саблезубого тигра, и всех остальных животных в придачу. Теперь команде придстоит присматривать не только за принцем, но и за оравой животных.

Ниндзя-отступники, адепты Темного искусства, в поисках силы и власти пробуждают древнего демона Моурьо, который поднимает армию терракотовых воинов и приступает к завоеванию мира. Каменные воины легко сметают заставы и целые крепости, а темные ниндзя, которыми командует сам Моурьо, кажутся неуязвимыми. У Пяти стран одна надежда – пока Моурьо не обрел свое тело, скрытое в подземном храме в Стране Болот, он все еще не вошел в полную мощь. Лучшие силы Конохи брошены на то, чтобы задержать врагов, а тем временем Наруто, Ли и Сакура под руководством Нэйджи отправляются на тайную миссию – защитить молодую верховную жрицу Шион, которая одна способна снова запечатать пришельца из потустороннего мира. Но миньоны великого демона не дремлют, а сама Шион внезапно предсказывает Наруто скорую смерть…

В Конохе проводится величайшее событие в истории - Главный Бойцовский Турнир, на который слетелись лучшие шиноби со всего света. Суматоха нешуточная, ставки очень высоки - победитель получает титул величайшего ниндзи в мире. Наруто нервничает больше всех, ведь если он выиграет турнир, его самое сокровенное желание исполнится. И вот чуунины, джоунины и генины вступают в решающую схватку, но кто же выйдет из нее победителем?

Продолжение рассказа о начинающих ниндзя, только-только окончивших академию и получивших «удостоверения» в виде повязок. Сразу же после окончания герои попадают во множество переделок и опасных ситуаций, находят друзей, встречают врагов.