Двенадцать долгих лет не утихает в азиатской стране Газс-Соника жестокая гражданская война, принося неисчислимые страдания населяющему её народу. В бушующем море ненависти и смерти, как рыба в воде, чувствует себя молодая киллерша Мадлакс, которая, не относясь ни к одной из противоборствующих сторон, ловко и профессионально выполняет любые опаснейшие и деликатнейшие поручения, не задумываясь, зачем и для кого - лишь бы платили. Тем временем в далёкой от Газс-Соники благополучной Европе в роскошном особняке проживает рано осиротевшая барышня Маргарет Бартон, тихая девушка, всё время пребывающая в своих грёзах. Какими бы разными ни казались две молодые особы, обеих связывают прочные незримые узы. Символом этой неразрывной связи является хранящаяся у Маргарет таинственная книга с диковинными письменами и пятнами крови, за которой охотятся могуществнные силы, стоящие за бойней в Газс-Сонике. Неминуемая встреча девушек позволит им раскрыть причину гражданской войны, тесно связанную с событиями их далёкого прошлого.

Красавица Мирэй Буке - профессиональный киллер, одинокий волк, и удача всегда улыбается ей на этой опасной стезе. Но когда Мирэй откликается на e-mail от юной японки Юмуры Кирики, приглашающий совершить паломничество в прошлое, её жизнь становится ещё более опасной. Под звуки нежной мелодии, вызывающей в памяти трагедию далёкого прошлого, Мирэй и Кирика решают работать вместе, чтобы узнать правду о тысячелетней организации, контролировавшей их жизни с самого рождения. Единственная зацепка в этом поиске, единственное слово, которое Кирика помнит о себе, становится их названием - Нуар, с древних времён означающее имя Судьбы в образе двух дев, правящих смертью.

Действие фильма разворачивается спустя два года после событий игры Final Fantasy VII. Планета стала довольно мирным местом, хотя города и вся индустрия полностью разрушены, а большая часть населения заражена синдромом "Звездного шрама". Главный герой по имени Клауд живет один и чувствует вину за то, что совершил, спасая мир. Однако рефлексировать ему осталось недолго - миру грозит новая напасть.